> イントラネットの環境において、
> NextFTPに表示されるタイムスタンプが
> "99/10/21 24:09"
> FTPサーバーのエクスプローラに表示されるのが
> "99/10/21 12:09"
> 
> 実際にデータ転送したのは２１日のお昼。
> 
> クライアント・サーバー共にTIME$は確認しました。
> もちろん午前・午後の認識及び表示も確認済です。

詳細ファイルリスト（ＣＴＲＬ＋Ｌ）のタイムスタンプを確認してみてください。

ホストとの時差を設定すれば、正常に表示できるようになると思います。