> 多数のファイルをアップロード中に、以下のようなログが表示され
> アップロード処理が行えなくなってしまいます。
> ＃50ファイルくらいでおかしくなる？？
> 
> |'45.html' をｱｯﾌﾟﾛｰﾄﾞしています...
> |< ｴﾗｰ : ﾘｽﾆﾝｸﾞに失敗しました。 (1035-10055) >
> |< '45.html' をｱｯﾌﾟﾛｰﾄﾞできませんでした。 >
> 
> 転送先のホストを2種類試しましたので、転送先のサーバのせいでは
> ないよな気がしています。

原因は不明ですが、オプションのファイアーウォールの設定で、ＰＡＳＶモードを使用するよう
にしてみてください。