> さっき気がついたのですが、.htaccessをドラッグ＆ドロップでアップロードした場合、
> NEXT FTPの下画面には「アップロードしました」という表示がでますが、
> サーバー側にそのファイルが見えません。？？
> いつから、こうなったのか、わかりません。
> ただサーバーにもともとあるものは、ちゃんと見えるのですが・・・
> 設定ミスでしょうか？

サーバー側の設定と思われますので、サーバーの管理者にお問い合わせください。

あるいは、ファイルリスト取得コマンドを「NLST -la」にしてみてください。