> 試験的に、カウンタだけを入れたページをアップロードしたら
> そのページ（index.html）の、属性が表示されておらず、
> 削除や、上書きがまったくできない状況になってしまいました。
> 「権限がありません」と言われます。
> いったいどうなってしまったのか、さっぱり分からないので
> 教えていただきたく、書きこみ致しました。

何らかの原因で、操作できない属性になってしまったのでしょうか。任意コマンドの実行で、
「SITE CHMOD 644 index.html」としてみてください。

解決できない場合は、ホストの管理者にお問い合わせください。