これは、全くソース表示ができないのではなく、ＣＧＩ部分の記述のみ、
表示されないということですよね？

> <SCRIPT>
> <IMG SRC="/cgi-bin/nph-count?width=6&link=http://www2.netwave.or.jp/~deforme/"> 
> </SCRIPT>

この「SCRIPTタグ」は、JavaScriptやその他の「スクリプト」を間に
埋め込むためのタグです。

「<script language="JavaScript">」のように言語指定も含めて記述
して使用するもので、詳しい説明も、厳密にも書きませんが、端折って
言うとすれば、このタグの中身は非対応のブラウザや機能を切ってある
ブラウザでは無視されてしまいます。

また、機能が有効なブラウザでは「スクリプト(プログラム)」として
実行される対象となりますので、ふつう、このタグの間にタグを書く
ようなことはしません。

というわけで、この場合、「<SCRIPT>」および「</SCRIPT>」のような
書くべきではないタグで挟まれていることが問題と思いますが、いかが
でしょうか？

そういうことだとすると、ＦＴＰソフトは関係ないですね。(^^;;

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特に、ホームページ作成ソフトをお使いで「画像形式のカウンタ」を
使われる場合は、画像を埋め込むのと同じ操作で「画像の場所」として、
その「/cgi-bin/nph-(以下略)」を指定することになります。

また、当然、これだと……というか、おおよそのどんなホームページ
作成ソフトを使っても「作業中」はちゃんとカウンタが表示されないと
思いますけど、転送してブラウザで見ると大丈夫だと思います。