> サーバーに乱雑にUPしたファイルを いくつかのディレクトリに分けて
> 整理したいと思っています。
> この時、一度 ダウンロードせずに、サーバ上でMOVEするためには
> どうしたら 良いでしょうか？

ファイルのＭＯＶＥには対応していませんので、一旦ダウンロードして、再度アップロードして
いただくことになります。