> ローカル側のファイルとホスト側のファイルが、一致しているか
> ダウンロード時に自動的に確認する機能はありませんか。
> （ファイルのコンペア機能）

中身の比較は物理的に不可能ですが、タイムスタンプの比較はできます。

ホストとの時差を正確に設定しておけば、転送時に新しいファイルのみを転送する事や、
更新ファイルや新しいファイルだけを選択することができます。