> 特殊な制限かわからないのですが、
> 「ファイルを更新する場合に削除してからでないとアップロードができない」
> プロバイダがあります。
> 
> NEXTFTPを使って、ファイルを上書きする場合はファイルを削除してから
> アップロードする方法はないでしょうか？
> よろしくお願いします。

ホストの高度な設定の、接続時初期コマンドは使用できないでしょうか？

接続時初期コマンドに、「DELE ファイル名」としてみてください。