> ステータスフラグの変動（フォルダの変更）を察知して再巡回していたのだとしたら・・
> 申し訳ない、NextFTPの不都合ではなかったことになります m(__)m

検証しましたところ、確かにステータスフラグの変動を察知していたことが判りました。
これは使用しているバックアップツールの仕様によるもので、
Windows98やNextFTPの不都合ではないと考えられます。
お騒がせして申し訳ありません。