> NextFTP　Ver1.73を使用して、ニフティにホームページを持っています。
> ダウンロードをしようと思ったのですが、そのファイルが見つかりません。
> しかしホームページはちゃんと表示されているので、ファイルが消滅している
> ということは考えられません。
> 表示されるファイルは一部のJGPG、htmだけです。
> アップ日時、ファイル容量、などに共通点はみられません。
> これはどういう事なのでしょうか？

日本語のファイル名を使用していることが原因だと思います。
ニフティの場合、日本語のファイル名を使用すると、一部のファイル名が表示されなくなります。

なお、最新版では、日本語のファイル名の警告機能を搭載しています。