> NextFTPはVer1.74以降で2000年以降も問題ないとのことですが、
> ファイルの更新日付の「年」の表示が2桁になっています。
> 2000年以降になるとどのように表示されるのでしょうか？

2000年の日付は、00年と表示されます。

表示上は２桁ですが、内部では４桁で扱っていますので、問題ありません。