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結構大きななWebになってくると、ちと物足りないです。
特にディレクトリ構成が複雑になると、現在のオプション
設定の「転送しないフォルダ・ファイル」程度では、やはり
無理が出てきます。

何らかの形でのパターン設定も、転送時間短縮のためには必須です。

綾の明さんのRoxasなどは、随分柔軟なカスタマイズが可能
なようですが、NextFTPでも可能になると便利ですね。