> 途中までしかアップロードされないファイルがあります。(すべてのファイルでは
> ありません)
> 他のソフト(CUTEFTP)でアップロードすると正しく転送されます。
> 原因をおしえてください。

その時間に、回線やホストが混んでいたりしたのでは無いでしょうか。
別の空いている時間にやり直してみてください。