> ホームページ自動転送で新しく更新したファイルは上書きされますが
> 新規作成のファイルは転送されません。
> ホームページの自動転送は新規のファイルは自動的に
> 転送されないのでしょうか？

そのファイルが、ホームページ転送オプションで、転送しないファイルに指定していないか、
転送しないフォルダに指定したフォルダに入っていないか確認してみてください。