２つのプロバイダを利用して、別々のホームページを持っています。
synnet.or.jpには、どこのネットワークからでもファイルのアップロードが
できるのですが、tcp-ip.or.jpには、自社のアクセスポイントからしか
アップロードができないようになっています。

コントロールパネルのインターネットからの自動接続の設定は
通常利用しているsynnetに接続するようになっています。
tcp-ipにアップロードするには、手動でアイコンをクリックして
接続しなくてはなりません。

アップロードするホストによって、使用する接続を切り替える機能が欲しいです。

波乗り野郎というオートパイロットのソフトウエアを使っていますが、
自動接続する接続先をコントロールパネルからの自動接続とは別に
指定するようになっています。また、既に接続している場合には、
その接続を使うかどうか問い合わせてきます。

この機能をNextFTPにも搭載してください。