> もしかして、どこかで設定が違うのかも知れないのですが
> 転送済で、表示もきちんとされるのですが、NextFTPのホスト側
> ファイルリストにGIFファイルが表示されません。
> 他のファイルは表示されます。

漢字や全角文字のファイル名を使用していないか確認してください。

日本語に対応していないホストに、漢字のファイル名をアップロードした場合、
一部のファイル名が表示されなくなることがあります。