> 私のホームページの構成は
> 
> Ｂ：フォルダ１（その下に）フォルダ２（その下に）フォルダ３−１〜３−８
> 
> です。
> 
> NextFTPのホームページ転送アイコンで転送すると
> フォルダ３のなかのファイルが転送できていない。
> フォルダは作っている。
> コピーで送ることはできる。
> フォルダ３の中のファイルＡをファイルＢに交換したいとき
> ホームページ転送アイコンを使うと
> 「ファイルＡを削除しますか？」と聞いてきてちゃんと削除しているが、
> ファイルＢは転送していない。
> 前バージョンでは問題無くできていました。

転送しないファイルやフォルダに設定していないでしょうか。
ホームページ転送オプションを確認してみて下さい。