> ＨＰ転送でＵＰしてもホスト側にフォルダが全て表示されません。
> なぜか３つだけフォルダが表示されます。
> ローカルにある同名のフォルダをホスト側で作ろうとすると、
> 「権限があるか、同名のﾌｧｲﾙがないか確かめてください。」
> と表示され、作れません。その見えないフォルダ内にあるＨＴＭＬを
> 、ブラウザで見る事ができるので、ＵＰはされているのですが。

漢字のファイル名を使用しているのではないでしょうか。
お使いのホストで漢字のファイル名が使用できるかどうか確認してみてください。