> 現在、NextFTPの ver 1.72 を使用しています。
> 再現性のない現象なのですが、
> ファイルをアップロードする際に、
> デスクトップ上に開いたフォルダから
> ドラッグ＆ドロップでアップロードすると
> 転送完了のメッセージが表示されているにも関わらず、
> ホストにファイルが転送されていなかったり、
> ファイルが更新されていない場合があります。
> 
> 新規ファイルの場合は、何度かリトライし、
> 既存ファイルの更新時には一度ホスト上のファイルを
> 削除した後、改めて送ればアップロードされるのですが･･･。

アップロードしてから、実際にそれがホストに反映されるまで、時間差があるのかも
知れません。ＦＴＰサーバの管理者に一度問い合わされることをお勧めします。