> 今日，NextFTPの1.71をダウンロード，インストールしたのですが，
> 起動すると，「シェアウェア注意」というウィンドウが現れ，
> 「試用期間　残り-47日」と出てきます。
> 
> 今回からアップデートが有料になったのでしょうか？

現在バージョンアップは無料でしていただけます。

現行のバージョンに上書きでインストールすれば、登録情報も引き継がれますので、
通常は、再度「シェアウェア注意」が表示されることはありません。

最新版のインストール前に旧バージョンをアンインストールしなかったか、レジス
トリを変更したりしなかったかなど、確認して下さい。

> 今までのIDとパスワードを入れても良いのでしょうか？

再度ユーザーＩＤとパスワードを入れて、再登録をお願いします。