> ところで、この前から急に友人とＦＴＰで自作プログラムを送受信しな
> ければならなくなってしまい、片方（相手側）に「War FTP Daemon」を
> 入れ設定を行って、何もない場合のアップとダウンは上手くいくように
> なりました。
> 　その後、回線状況が悪くなって一度アップを途中のまま切断してから、
> しばらく回線の回復を待ってから再接続しました。
> 　そこでレジュームを使ってアップしたのですが、レジュームの確認の
> メッセージがでてきてきちんと選択（すみません、忘れてしまいました）
> し、転送は、正常終了しました。
> 　ところが、転送したファイルのサイズが全く違っていたのです。
> 　サイズは、次のようになっていました。（正式では、ありません）
> 　　転送元ファイル      1,000,000Byte
> 　　転送先ファイル        700,000Byte
> 　確かに300,000Byteのところで切断したのですから、レジューム機能で
> 送信したところからしかデータがありません。（もちろんバイナリモード
> で転送されていました）
> 　どこか設定がおかしいのでしょうか？
> 　それともサーバー側でしょうか？
> 　友人からは、NextFTP側がおかしいのでは？と言われています。

こちらでテストしたところ、問題なく再開が出来ました。

サーバーソフトはアップロードレジュームに対応しているか確認してください。
サーバーソフトの最新版を試してみてください。

また、上書き確認時に、間違いなく再開ボタンを押したか確認してください。