> ローカル側の複数のフォルダの中にあるファイルを
> ホスト側のある特定のひとつのフォルダへアップロードしたいときに
> ひとつずつフォルダを開いてアップロードするのではなく、
> 一回の命令ですべて終了させる設定はできないのでしょうか。

エクスプローラからアップロードしたいファイルを、ホスト側のウィンドウに
ドラッグ＆ドロップすれば、それらファイルをアップロードできます。

ファイルの検索機能を使えば、特定のファイルを一度に１つのフォルダに転送
できますのでお試しください。このとき、同じファイル名のファイルを同時に
アップロードしようとしても警告が表示されず上書きされますので注意してく
ださい。