> 「filnam01.c」のMS-DOSファイル名は「FILNAM01.C」でに
> 改名した後でもMS-DOSファイル名が「FILNAM01.C」のために、このような現象が
> 起こったのではないでしょうか。
確かにDOSファイル名が「FILNAM01.C」のようになってますね。
 
> これは、Windowsの仕様ではないかと思います。
試してみるとDOSprompt で DOS「FILNAM01.C」LFN「filnam011.c」の
ファイルのあるところに copy で 「filnam01.c」をコピーしようと
すると上書きしようとしますね。
それでも、同じ状況でExplorerをつかう（D&D)とちゃんと「filnam01.c」と
「filnam011.c」ができるんですよ。
「filnam011.c」のDOS名が「FILNAM~1.C」になる。
と、いうことは何かしらの回避方法があるんではないでしょうか?

「Windowsの仕様」で済まさずに回避方法を検討してみてください。