> 社内と社外との間に1つ、社内でも開発環境との間で1つProxyがあります。
> Proxyを書き換えるのがめんどうなのですがなんとかなりませんか?

各Proxyの設定後、レジストリエディタを起動し、NextFTPの設定部分
（HKEY_CURRENT_USER\Software\Toxsoft\NextFTP）をファイルに保存します。

それをテキストエディタで開いて、FireWallではじまるキーだけを残して他の
キーの部分を削除し、保存します。

このレジストリファイルを実行することで、次回のNextFTPの起動時にProxyが
切り換わるというものです。

お試しください。