アップロード時の「ディレクトリ同期モード」については、(1997/11/26)でリクエストされた方がいました。
私がリクエストするのはダウンロードにおいてです。

ホスト側のディレクトリ構造に沿ってファイルをダウンしたい時、
いちいちローカルで同構造のディレクトリを作成していくのは非常に面倒です。
ホスト側で新たなディレクトリに移動したら、ローカルにも同名のディレクトリを作って
くれれば、この手間が減って非常にありがたいのですね。
（もっとも、ファイルをダウンしなければ余計な空フォルダを作ったにすぎませんが）

これに関連してですが、複数のディレクトリにまたがってファイルの選択をできるようになりませんか？
そうすれば、「一挙に大量のファイルのダウンを指定して後はオヤスミ〜」が可能になるのですが。
（あまりマナーのよろしいことじゃないですけどね・・・）