どうも、生田です。

> > フォルダを選んで丸ごとダウンロードしたら、フォルダの下にある
> > ファイルは転送されましたが下層のフォルダが転送できません
> > でした。
> > 
> > 以前のバージョンではできていたようにおもいますが現在使って
> > いるVer1.65ではできません。
> 
> こちらで実験してみましたが、どんなに深いフォルダでも、中身の階層構造ごと
> 問題なくダウンロードできました。
> 
> １つ考えられるのは、ダウンロードしたフォルダの中のフォルダが、シンボリック
> リンクである場合ｆです。そのリンクが上位フォルダを差しているときに無限ルー
> プに陥ってしまわないように、フォルダの中のシンボリックリンクのフォルダは、
> 自動的にダウンロードしない仕様になっています。
> 
> これが原因でない場合は、詳しい状況をお知らせください。

シンボリックリンクにはなっていません。
試しにVer1.64に戻してみたら、同じフォルダを問題なく
ダウンロードできました。

こちらの環境は
  FMV6150T3（Memory128MB)+WindowsNT4.0sp3
です。