> はじめまして、NextFTPの購入について
> 教えてほしいことがあるのですが、実際に
> 使用する人（会社）と代金を入金する人（会社）
> が違う場合どうすればよいのですか？

ライセンスの譲渡は出来ませんので、代理購入という形になります。

送金時に代理購入である旨を書いていただければ、そのように処理します。