> NextFTP 1.61を使っています。
> ローカル側にあるファイルの内，拡張子が.GIDになっているファイルが
> ファイルリストに表示されません。
> 他の拡張子のファイルは表示されます。
> 特定の拡張子のファイルはリストからはずすような設定がNextFTPに
> あるのでしょうか？

原因は拡張子ではなく，.GIDのファイルが隠しファイルになっていてNextFTPの
設定で隠しファイルの表示をOFFにしていたためでした。
お騒がせしました。