もう解決済みかもしれませんが……。

> > ネットスケープコミュニケータ　ver4.01をインストールしました。
> > ネットスケープコミュニケータ　ver3.02も残っています。
> > 題名にあるように、NextFTPのヘルプから、
> > Toxsoftのホームページをクリックすると、
> > ネットスケープナビゲータver3.02が起動してしまいます。
> 通常使うブラウザは Netscape4.0になっているでしょうか。
> 
> Toxsoftのソフトでは、Toxsoftのホームページコマンドは、インタ
> ーネットショートカットをダブルクリックしたときと同じ動作をする
> ようにしてあります。

　私も同じ状況でした。他のapplicationsでも総て、NC4.01(4.01a)ではなく、
NN3.02 Goldが起動していました。
　しかし、NN3.02 GoldをNN3.03 Goldにver_up後、NC4.01a ProをNN4.02 Pro
にupしたら、希望通りNC4.02が起動するようになりました。MSIE3.02とNN3.03 
Gold、NC4.02 Proの共存ですが、うまく行っております(OS NT4.0J WS)。
参考になれば幸いです。